Το σπήλαιο, διανοιγμένο μέσα σε ασβεστόλιθους του Ανώτερου Ιουρασικού (ηλικίας της τάξεως των 150 εκατ. χρόνων), αναπτύσσεται οριζόντια και καλύπτει συνολική έκταση περίπου 10.000 τετ. μέτρων. Είναι λαβυρινθώδες, με μεγάλες αίθουσες και κατάκοσμο από σταλακτιτικούς σχηματισμούς.
Ο σχηματισμός του ανάγεται πιθανότατα στο Κατώτερο Πλειστόκαινο (κατ’ εκτίμηση περισσότερο από 1 εκατ. χρόνια). Στα πρώτα του στάδια και για μεγάλο χρονικό διάστημα ήταν «τυφλό», δίχως είσοδο και δίχως επικοινωνία με το εξωτερικό περιβάλλον. Διέθετε μεγάλες αίθουσες με ψηλές σταλαγμιτικές κολώνες. Πιο πρόσφατα δημιουργήθηκε ένα άνοιγμα στην οροφή μιας μεγάλης αίθουσας, επιτρέποντας έτσι την επικοινωνία με το εξωτερικό περιβάλλον. Το σπήλαιο άρχισε τότε να λειτουργεί ως καταφύγιο σαρκοβόρων ζώων.
Αργότερα, πιθανόν στις αρχές του Μέσου Πλειστοκαίνου, άρχισαν να το επισκέπτονται οι άνθρωποι, οι οποίοι άφηναν εδώ κατάλοιπα της δραστηριότητάς τους. Έκτοτε άνθρωποι και σαρκοβόρα εναλλάσσονταν στο σπήλαιο, εξ ου και στα στρώματα της επίχωσης εναλλάσσονται παλαιοντολογικά και πολιτισμικά κατάλοιπα.
Η αρχική είσοδος του σπηλαίου δεν ήταν το μικρό άνοιγμα που εντόπισε ο Φίλιππος Χαντζαρίδης, αλλά ένα πολύ μεγαλύτερο άνοιγμα στην οροφή μιας μεγάλης αίθουσας, περίπου 150 μ. βορειότερα. Το σπήλαιο παρέμεινε σε χρήση για εκατοντάδες χιλιάδες χρόνια. Καθόλη τη διάρκεια αυτής της εκπληκτικά μακρόχρονης περιόδου, από το άνοιγμα της οροφής, που λειτουργούσε ως είσοδος (και από το οποίο διέρχονταν άνθρωποι και ζώα), έπεφταν στο εσωτερικό του σπηλαίου πέτρες και χώματα, σχηματίζοντας με τα χρόνια έναν τεράστιο κώνο («κώνο κορημάτων»), ο οποίος απλωνόταν και ψήλωνε συνεχώς, ώσπου έφτασε έως την οροφή και έφραξε την είσοδο. Στην επιφάνειά του σχηματίστηκε ένα παχύ σταλαγμιτικό στρώμα και, πάνω σε αυτό, όλος ο σταλαγμιτικός διάκοσμος τον οποίο θαυμάζουμε σήμερα σε αυτή την περιοχή του σπηλαίου.